Existen algunas evidencias de que se pueden emplear medicinas alternativas que incluyen la homeopatía y la acupuntura en padecimientos crónicos; sin embargo, estos tratamientos no deben hacer bajo ningún motivo abandonar la terapia farmacológica, que nodebe interrumpirse ya que ha resultado muy difícil evaluar la efectividad real de la medicina alternativa. Hay quienes afirman que la acupuntura disminuye el dolor, aun por períodos prolongados. Debido a la complejidad y gravedad de las enfermedades autoinmunes, el paciente con enfermedad autoinmune debe consultar a médicos especialistas en su enfermedad específica. Cualquier cambio en la medicación puede originar una exacerbación de la enfermedad.